한국농촌지도자중앙연합회 강정현 사무총장은 “현재는 유기질비료 지원, 목적 사업에만 예산을 쓰도록 행정안전부에서 정하고 있지만, 2027년부터는 지자체 자율에 맡겨지게 된다. 그러면 지자체는 예산 부족을 이유로 사업을 점차 축소·폐지하는 길로 갈 것” 이라고 예측하면서 “안정적인 국민 식량의 생산과 공급을 위해선 농지의 지력을 유지하는 것이 매우 중요한 영역인데, 이 사업이 지자체의 자율에 맡겨지면 사업의 지속성을 담보할 수 없고 결국 그 피해는 농민뿐만 아니라 국민들에게도 돌아갈 수 밖에 없다” 라고 진단했다.
이어 강 총장은 “유기질비료 지원사업은 중앙 정부가 직접 관리하는 것이 마땅하다” 면서 “지금부터라도 농민단체가 관심을 가지고 관련 법과 제도 정비에 적극 나서야 한다” 고 목소리를 높였다.
 현재 유기질비료 지원사업은 전환사업 보전금(1,130억원)을 행안부에서 유기질비료 지원사업 목적으로 시군구에 지방소비세로 편성하여 사업을 진행하고 있다.
 이 사업은 1998년 농협 자체사업, 1999년 정부 지원사업, 2011년 지방비를 정액 부담하는 지방비 매칭사업, 2022년 지방이양(2026년까지, 5년간 한시적)으로 변화되어 왔으며 2027년부턴 지자체 자율 사업으로 전환되어 유기질비료 지원사업이 축소·폐기될 위기에 처해 있다. 
 이 사업이 지자체 자율사업으로 완전 이관될 경우, 시군 재정자립도가 낮은 시군에선 예산의 어려움을 이유로 사업을 축소하거나 포기하는 사태가 속출할 수 있다. 현재 경기, 전북, 전남 등은 도비 조차 지원하지 못하고 있는 실정이다.
 또한 관내 시·도 발생 축분으로 만든 퇴비만 지원함으로써 축산이 집중된 시도(경기, 전북 등)의 축분은 처리 불능 상태가 발생할 수 있다. 사업비 감소와 폐지는 결국 농지의 지력 저하와 농업 생산성 감소, 농민들의 경영비 증가로 이어질 수 밖에 없다.
 국회예산정책처가 조사한 유기질비료 지원사업에 대한‘재정분권 정책 및 지방이양 사업 평가’에 의하면 “화학비료 사용량은 증가 추세에 있고 토양 환경을 보전하는 유기질비료 지원량 및 지원금이 줄어들고 있다” 고 진단하면서 “유기질비료 지원사업의 궁극적인 지원대상은 농지라고 볼 수 있으며 농지는 공익적 자원이고 지역 특성에 따른 선별재가 아니라는 점을 감안할 때 국가차원에서 지속적으로 면밀한 관리가 필요하다” 라고 지적한 바 있다.